هي مجموعة من الطرق والأساليب المتبعة التي تهدف إلى تحقيق المتطلبات البيئية والاقتصادية والصحية بالاعتماد على استخدام الأعداء الحيوية ومبدأ الحد الاقتصادي الحرج للآفة. أي أن إستراتيجية مكافحة الآفات مبنية على البيئة حيث تعتمد على العوامل الطبيعية لموت الحشرات بواسطة الأعداء الحيوية وعوامل المناخ غير الملائمة وتعتمد بنسبة متدنية على تقنيات المكافحة الكيميائية والتي تستخدم فقط عندما تدعو الحاجة إليها، وعندما يصل الضرر إلى مرحلة يهدد المحاصيل المراد حمايتها، ومن طرق المكافحة المتكاملة الآتي:
· الطرق الزراعية: زراعة الأصناف المقاومة من البذور والأشجار المثمرة، التخلص من بقايا المحاصيل ونواتج التقليم، فلاحة التربة، مواعيد الزراعة، التقليم والتخفيف، التسميد، النظافة العامة مثل جمع الثمار المصابة وإتلافها، ترشيد استخدام المياه مثل كمية وموعد الريّ، عدم زراعة محاصيل مختلفة.
· الطرق الفيزيائيّة: الحرارة، البرودة، الرطوبة، الضوء الصوت، المستخلصات النباتية مثل منقوع الثمار أو الأوراق أو الاستخلاص بالمذيبات العضويّة.
· الطرق الحيويّة: والتي تشمل تنشيط ووقاية الأعداء الحيويّة المحليّة، الاستيراد والتربية الكثيفة ونشر الطفيليّات والمفترسات، تحضير واستخدام بكتيريا، فطريات وغيرها...
· الطرق الكيميائيّة: وتشمل المصائد الجاذبة، المواد الطاردة للحشرات، مختلف المبيدات الحشرية، المعقمات الكيماوية، مانعات النمو (الهرمونات).
· الطرق الوراثيّة: تسمى أسلوب المكافحة الذاتيّة أو الوراثية وتشمل تربية وإطلاق الذكور العقيمة ذات الشروط الوراثية الخاصة أو تلك غير القادرة على التوافق الوراثي بأشكال مختلفة أي إكثار العوامل المميتة التي تنتج عن تزاوج فردين من نفس النوع.
· الطرق التشريعيّة: وتشمل الحجر الزراعي للنباتات والحيوانات – برامج استئصال آفات معينة بقوة القانون.